Yeni Nesil Dizileme (Next-Generation Sequencing)

Sentebiolab, yeni nesil dizileme hizmetleri için Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM) cihazı kullanmaktadır. PGM dizileme sistemi, yarı iletken teknolojisini kullanan tezgah üstü bir sistemdir. Hızlı ve yüksek ölçekli dizilemeye imkan sunar. Ion Torrent teknolojisi, DNA replikasyonu sırasında açığa çıkan hidrojen iyonlarını gerçek zamanlı olarak kantifiye etmek için çok sayıda paralel dizilmiş yarı iletken sensör kullanır.

Kompakt olarak düzenlenmiş kuyu dizileri, milyonlarca paralel reaksiyon için reaktör görevi görür. Entegre akışkanlar bu kuyucuklardan gelen reaktiflerin akışını sensör dizisine bağlar. Bu benzersiz akışkan teknolojisi, mikromakina ve yarı iletken teknolojisinin yardımıyla, genetik diziyi dijital verilere çevirir ve 2000 Mb’e (318 çip) kadar dizileme yapabilir. Ortalama bir dizileme işlemi yaklaşık 2-3 saat sürer.

Laboratuvarımız Ion Torrent PGM ve MiSeq yeni nesil dizileme platformlarını kullanarak aşağıdaki hizmetleri sunmaktadır:

  • Amplikon Dizileme
  • Hedefli Dizileme
  • Small RNA ve miRNA Dizileme
  • Virüs Tipi Belirleme
  • Mikrobiyal Dizileme
  • De Novo Dizileme
  • Bakteri Tipi Belirleme

Hedefli Dizileme

Hedefli dizileme, tüm genom dizilemesi için hızlı ve uygun maliyetli bir alternatiftir. AmpliSeq ™ teknolojisi, araştırmacıların, sadece 20 ng DNA örneğinden gen panelleri de dahil olmak üzere binlerce hedefi hızlı ve kolay bir şekilde çoğaltmalarını sağlar.

Small RNA ve miRNA Dizileme

Ion Torrent™ ve Illumina MiSeq™ yeni nesil dizileme platformları ile birleşen Ambion® RNA teknolojisi, araştırmacılara çalışmalarında kullanılabilecek geniş bir teknik yelpazesi sunmaktadır.

Virüs Tipi Belirleme

Ion PGM sisteminin PathAmp™ FluA kiti ile grip virüslerinin analizine ek olarak, Torrent Suite ™ için hazırlanan Pathogen Analyzer Plugin ile, farklı virüslerin ve bakteriyofajların tüm genomlarını araştırabiliriz.

Mikrobiyal Dizileme & Bakteri Tipi Belirleme

Ion PGM sisteminin yüksek doğruluk ve uzun okuma kapasitesi ile spesifik hastalık tiplerinin retrospektif analizi ve yeni salgınlar ve hastalık teşhis ve etiyolojisini yapabiliriz. Ayrıca ION PGMTM sistemi, yüzlerce genin sekans verileri kullanarak bakteri türlerinin yüksek doğruluk ve hassasiyetle tiplendirilmesini sağlar.

  • 16S rRNA (metagenomik)
  • 18S (metagenomik)

De Novo Dizileme

Ion Torrent yarı iletken sekanslama teknolojisi, mikrobiyal araştırmalar için hızlı ve düşük maliyetli de novo dizileme imkanı sunar.