Sanger Dizileme

Sanger dizilemede başlangıç malzemesi olarak jel veya kolon kullanarak saflaştırılmış PZR ürünleri ve plazmidler kullanılabilir. Ayrıca “Antik DNA Örnekleri” için dizileme hizmetleri de yapıyoruz. Her ne kadar dizilemedeki verim başlangıç örneğinin saflığına ve kalitesine göre değişkenlik gösterse de tek yönlü dizilemede ortalama 550 nükleotide kadar, çift yönlü dizilemede 1100 nükleotide kadar rahatlıkla dizileme yapabiliyoruz. Sipariş formunda belirtilen garanti şartlarına uyulduğu takdirde düşük kalitedeki örnekler ücretsiz olarak sekanslanmaktadır. İstek üzerine dizileme hizmetlerinize yönelik uygun primerleri tasarlayıp sentezleyebiliriz. Paired-end dizileme çok daha doğru sonuçlar elde edebilirsiniz. Laboratuvarımızda dizileme için ABI Prism 3130 Genetic Analyzer kullanılmaktadır.

Genel Bilgi

Makinenin çalışma prensibi, elektroforetik birimler içerisinde bulunan bir lazer aracılığıyla tek renkli bir ışığın üretilmesidir. DNA’nın yüklendiği jel matrisi, monokromatik ışık tarafından taranır. Elektroforez aşamasında, floresan boyaya bağlı DNA’nın bulunduğu bölgeye ulaşıldığında bir sinyal verilir ve karakteristik bir dalga boyundaki ışığı saçar. Bu sinyal dedektör tarafından işlenerek elde edilen sonuçlar analiz edilir ve sekans verilerine dönüştürülür.


Fiyat Bilgisi

Fiyat Tablosu
FİYAT (€) (10 ÖRNEĞE KADAR) 10-199 ÖRNEK 200 VEYA DAHA FAZLA ÖRNEK
Plazmidler için Sanger Dizileme € 11,99 € 10,99 € 9,99
PZR Örnekleri için Sanger Dizileme € 11,99 € 10,99 € 9,99
Plazmidler için NGS Dizileme      (maksimum: 5 kb) € 24,99
PZR Örnekleri için NGS Dizileme (maksimum: 5 kb) € 24,99
PZR Örneği Saflaştırma € 1
  • NGS hizmetleri PGM Ion Torrent™ ve Illumina MiSeq™ kullanılarak sağlanmaktadır.
  • Diğer NGS hizmetleri (RNASeq, WGS, vb.) bağımsız projeler olarak yapılmaktadır. Detaylar için lütfen bizimle iletişime geçiniz.

Örnek Hazırlama Bilgisi

DNA dizi analizi için gerekli bilgiler:
  • DNA örnekleri ve primerler (dizileme sipariş formu doldurulmalı ve bize gönderilmelidir).
  • Dizilemede kullanılacak primerlerin konsantrasyonu (en az 10 μM konsantrasyon ve en az 5 μL primer/reaksiyon) ve dizi bilgisi (tercih edilen).
  • DNA örneğinin konsantrasyonu (plazmidler için, en az 80 ng/μL ve 5-10 μL/reaksiyon önerilir; PZR ürünleri için en az 10 ng/μL ve 5-10 μL/reaksiyon önerilir)
  • PZR örnekleri için jel fotoğrafı ve spektrofotometrik ölçüm sonuçları (konsantrasyon, A260/280 ve A260/230 değerleri) (%2 agaroz jeli içinde) veya plazmid, faj, kozmid veya BAC DNA (%1 agaroz jeli içinde)

DNA Dizisi örnek teslimi için gereksinimler

Numune hazırlama için şartlar:
  • Sentebiolab, hem saflaştırılmış hem de saflaştırılmamış PZR ürünlerini ve plazmid DNA’larını dizileyebilmektedir.
  • Optimal konsantrasyon sağlamak için aşağıdaki tabloda gösterilen değerleri öneriyoruz.
  • Saflaştırılmış PZR ürünlerinde sadece bir bant olduğundan emin olmak için jel elektroforezi ile kontrol edilmelidir.
  • Numuneler açık bir şekilde etiketlenmelidir.
Tavsiye Edilen Miktarlar
ÖRNEK KONSANTRASYON HACİM/REAKSİYON
Plazmid 200 ng/μl 10 μl
PZR örnekleri 50 ng/μl 10 μl
Primer 10 μM 10 μl
Örnek Transferi Gereksinimleri:
  • Primerler de dahil olmak üzere tüm numuneleriniz 1,5 mL, 0.5 mL veya 0,2 mL’lik tüplerde gönderilmeli ve numunenin tanımlanmasını istediğiniz şekilde etiketlenmelidir.
  • Sentebiolab, sızıntı, buharlaşma veya çapraz kuyu kirliliği (numunelerin uygun şekilde hazırlanmaması nedeniyle) veya kargolama sırasında ortaya çıkan sorunlar gibi sorunlardan sorumlu değildir.

Sıkça Kullanılan Primerler

PRİMER ADI DİZİSİ
5’AD 5′- AGG GAT GTT TAA TAC CAC TAC -3′
3’AD 5′- AGA TGG TGC ACG ATG CAC AG -3′
5AOX1 5′- GAC TGG TTC CAA TTG ACA AGC -3′
3AOX1 5′- GCA AAT GGC ATT CTG ACA TCC -3′
A-FACTOR 5′-TAC TAT TGC CAG CAT TGC TGC -3′
3’BD 5′- TAA GAG TCA CTT TAA AAT TTG TAT C -3′
CMV-Forward 5′- CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG -3′
CMV-R 5′- GTT CAC GGT GCC CTC C -3′
PGEX-5′ 5′- GGG CTG GCA AGC CAC GTT TGG TG -3′
PGEX-3′ 5′- CCG GGA GCT GCA TGT GTC AGA GG -3′
T3 5′- ATT AAC CCT CAC TAA AGG GA -3′
T7 5′- TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG -3′
T7-Ter 5′- GCT AGT TAT TGC TCA GCG G -3′
BGH 5′- TAG AAG GCA CAG TCG AGG -3′
SP6 5′- GAT TTA GGT GAC ACT ATA G -3′
M13F 5′- TGT AAA ACG ACG GCC AGT -3′
M13R 5′- CAG GAA ACA GCT ATG AC -3′
M13F(-47) 5′- CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC -3′
M13R(-48) 5′- AGC GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA -3′
GLP1 5′- TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG -3′
GLP2 5′- CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA -3′
pBAD Forward 5′- ATG CCA TAG CAT TTT TAT CC -3′
pBAD Reverse 5′- GAT TTA ATC TGT ATC AGG -3′
pEGFP-N-5′ 5′- TGG GAG GTC TAT ATA AGC AGA G -3′
pEGFP-N-3′ 5′- CGT CGC CGT CCA GCT CGA CCA G -3′
pEGFP-C-5′ 5′- CAT GGT CCT GCT GGA GTT CGT G -3′
pEGFP-C-3′ 5′- TAT GGC TGA TTA TGA TCA GT -3′
pFastBacF 5′- GGA TTA TTC ATA CCG TCC CA -3′
pFastBacR 5′- CAA ATG TGG TAT GGC TGA TT -3′
RVP3 5′- CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC -3′
RVP4 5′- GAC GAT AGT CAT GCC CCG CG -3′
PMAL-C2X-F 5′- TGC GTA CTG CGG TGA TCA AC -3′
PMAL-C2X-R 5′- CTG CAA GGC GAT TAA GTT GG -3′
PQE30F 5′- TGA GCG GAT AAC AAT TTC AC-3′
PQE30R 5′- GTT CTG AGG TCA TTA CTG G-3′
S.TAG 5′-CGA ACG CCA GCA CAT GGA CA-3′