Oligo Sentezi

Sentebiolab, dünyanın en gelişmiş yüksek verimli DNA sentezi ve saflaştırma sistemlerini kullanarak yüksek kaliteli primer sentezi gerçekleştirmektedir. Hızlı teslimat ve düşük fiyatlar ile yüksek kaliteli primerleri araştırmacı ve klinisyenlere sunmaktayız. Yüksek verimli sistemimiz, Türkiye’nin yıllık oligo ihtiyaçlarını karşılayabilmektedir. Biolytic (ABD) Dr. Oligo ™ DNA / RNA Sentezleyicisi kullanılarak, 96 oligo aynı anda >% 99,95 verimle sentezlenebilir. Laboratuvarımız, Dr. Oligo ™ ‘yu kullanarak standart 50 nmol, 100 nmol ve 200 nmol skalalarında 100 bp uzunluğa kadar oligo sentezini rutin olarak gerçekleştirmektedir. Ayrıca, tercihinize bağlı olarak organik tuzlardan arındırma (desalting) ve kartuş bazlı DMT-ON saflaştırma (OPC)  ve HPLC  sentezlenmiş oligolarımızın rutin saflaştırmasını gerçekleştiriyoruz.

Talebiniz doğrultusunda “dejenere primer ”, “Inozin bazı içeren primer” ve “modifiye primer” üretimi de yapmaktayız.

senteligo™

200 nmol ölçekte senteligo ™ marka RP-HPLC kalite primerler de üretmekteyiz. Senteligo ™ kullanımının avantajları arasında yüksek kalite, OPC saflaştırma, rekabetçi fiyatlar, hızlı teslimat (sentez sonrası 24 saat içinde teslimat) ve kalite garantisi bulunmaktadır.

Genel Bilgi

Oligonükleotidler, kısa nükleotid dizileridir. Oligonükleotitler (primerler), PCR gibi birçok moleküler ve genetik işlemde kullanıldıkları gibi bir DNA zincirindeki baz dizilerini belirlemek ve DNA’daki mutasyonları tanımlamak için de kullanılabilirler.

Sentebiolab olarak moleküler biyoloji çalışmalarında kullanılabilecek uygun maliyetli ve yüksek kaliteli DNA dizileri sentezliyoruz. Ürettiğimiz primerler kalite kontrol testine tabi tutulmaktadır. Oligonükleotid sentez prosesi, fosforamidit monomerlerle tetrazol katalizine dayanır.

Modifiye Oligonükleotidler
Sentez esnasında, oligonükleotid dizilerinin 5’ veya 3’ ucuna veya internal olarak dizinin ortasına boya/farklı kimyasal moleküller konjüge edilebilmektedir. Dizisinde rutin DNA bazları dışında bir molekül taşıyan oligonükleotidlere ‘modifiye oligonükleotid’ adı verilmektedir. Sentebiolab olarak aşağıda listelenmiş modifikasyonlara sahip oligonükleotidleri üretmekteyiz. Tüm modifiye oligonükleotidler 100 nmol veya üstü skalada üretilmekte ve mutlaka HPLC saflaştırma yapılarak tarafınıza teslim edilmektedir.
-5’FAM
-5’HEX
-5’TET
-5’JOE
-5’ Biotin
-5’Amine
-5’Fosfat
-5’Thiol
-3’TAMRA
-3’Amine
-5’ Cy5
-5’ TAMRA
-3’ Biotin
-3’ Thiol
-3’ Fosfat

Primer saflaştırma teknikleri:

Bu bölüm, uygulamanız için en uygun saflaştırma yöntemini seçmenize yardımcı olmak üzere tasarlanmıştır. Oligo sentezi sırasında, her nükleotit büyüyen zincire ardarda eklenir. Kimyasal sentezin doğası gereği nükleotid ekleme reaksiyonu (coupling) verimi hiçbir zaman %100 değildir, genellikle %99’a yakın bir verimle eklenir dizideki her bir nükleotid. Her bir döngüde, yeni eklenen nükleotit oligo zincirlerinin küçük bir yüzdesine eklenemez. Bu durum nedeniyle, elde edilen ürün içerisinde tam uzunluktaki oligonun yanı sıra yan ürün olarak kısa dizilerin de (n-1, n-2, n-3 gibi) bulunduğu bir oligonükleotid karışımıdır. Sentez sonrası tuzdan arındırma hariç başka bir saflaştırma yöntemi uygulanmamış bir oligonun saflık oranı 100-(0.99n-1) formülü ile hesaplanır (n=üretilen oligo dizisindeki baz sayısı). Örneğin 20 baza sahip bir oligo yaklaşık %81.2 oranında tam uzunlukta ürüne ve %18.8 oranında kısa ürünlere (n-1, n-2 gibi) sahiptir.

Bazı uygulamalar için, sadece tam uzunlukta (n) oligoların kullanılması çok önemlidir. Diğer uygulamalar için daha kısa oligoların (n-1, n-2, vb.) da ortamda bulunması deney sonuçlarını etkilemez. Sipariş vereceğiniz oligolarda tercih edeceğiniz saflaştırma yöntemini aşağıda verilen bilgiler ışığında belirleyebilirsiniz.

Tuzdan Arındırma (Desalting/Standart Saflaştırma)
Sentebiolab tarafından üretilen oligonükleotitler rutin olarak tuzdan arındırma yöntemi ile saflaştırılmaktadır. Tuzdan arındırma işlemi, sentez sırasında oluşan tuzları temizlemek için kullanılır. Bu yöntem (n-1), (n-2) gibi kısa oligoları üründen uzaklaştırmaz. Bu yöntem, 35 baza kadar olan oligolar ve PZR uygulamaları için tercih edilebilir. Dizinin uzunluğu arttıkça elde edilen ürünün içinde kısa ürünlerin yüzdesi artar, bu nedenle 35 baz’dan uzun oligolar için OPC/HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz.
OPC (Kartuş bazlı saflaştırma)
OPC saflaştırma, 60 baz uzunluğa kadar olan oligonükleotidler için yapılabilmektedir. 60 baz üzerindeki oligolarınız için HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz.” cümlesi şu şekilde değiştirilmeli: “OPC saflaştırma, 80 baz uzunluğa kadar olan oligonükleotidler için yapılabilmektedir. 80 baz üzerindeki oligolarınız için HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz.
HPLC
HPLC yönteminde oligonükleotidler C18 kolondan geçiş sırasında kimyasal yapılarındaki farklılıklara göre (baz sayısı, modifiye kimyasal grupların varlığı/boya konjügasyonu gibi) ayrılırlar. Bu yöntem ile tüm kısa diziler uzaklaştırılarak en yüksek saflık derecesine sahip oligonükleotidler elde edilir. Klonlama gibi oligo dizilerinde yüksek doğruluk gerektiren uygulamalar için HPLC saflaştırma tavsiye etmekteyiz. Ayrıca, modifiye oligo, Inozin’li oligo ve hidroliz probları gibi dizisinde rutin DNA bazları dışında gruplar olan oligonükleotidler için de mutlaka HPLC saflaştırma yapmaktayız.

Sentez, Teslim ve Saklama Koşulları

Saklama Koşulları Sıcaklık Maksimum Depolama Süresi
Liyofilize -20°C/+4°C < 1 yıl
Liyofilize Oda sıcaklığı ≤ 1 ay
Çözünmüş -20 °C < 6 ay
Çözünmüş  Oda sıcaklığı ≤ 1 hafta

Tüm ürünlerimiz liyofilize (kurutulmuş) şekilde teslim edilmektedir. Kurutma işlemi öncesi, OD ve A260 değerleri hesaplanır ve stok çözeltisi üretmek için eklenecek gerekli TE veya H2O miktarı belirlenir ve bu bilgiler, ürün ile birlikte üretim raporu olarak teslim edilir. HPLC saflaştırma yapılan ürünler ile birlikte ürünlerin saflık analizini içeren HPLC raporu da teslim edilmektedir.
Ürünler liyofilize şekilde gönderildiği için gönderim esnasındaki sıcaklık farklarından olumsuz etkilenmemektedir. Teslim aldığınız ürünleri, daha uzun bir raf ömrü için, çözünmemiş haldeyken +4ºC/-20ºC’de saklamanız gerekmektedir. Çözünmüş primerler -20 °C’de küçük porsiyonlar halinde saklanmalıdır. Uzun süreli depolama için TE Buffer ile çözmeniz ve donma-çözülme döngülerinden kaçınmanız tavsiye edilmektedir.

Sipariş Bilgileri

  • 50 bazdan kısa ve 50 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Pazartesi, ve Çarşamba günleri saat 10:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır. (standart saflaştırma ve OPC saflaştırma yapılan ürünler için geçerlidir).

  •  50 nmol uzun (50 baz üzeri) oligonükleotid sentezi Salı günleri saat 16:00’da yapılmaktadır. Sentez saatine kadar verilmiş olan siparişler Perşembe günleri saat 16:00’da hazır olacaktır. Diğer skalalardaki uzun oligonükleotid siparişleriniz rutin sentez günleri dışında üretime alınmaktadır, teslim süresi için lütfen bizimle iletişime geçiniz.

  • 50 bazdan kısa ve 100 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Pazartesi ve Çarşamba günleri saat 16:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır (standart saflaştırma ve OPC saflaştırma yapılan ürünler için geçerlidir).
  • 50 bazdan kısa ve 200 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Perşembe günleri saat 16:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır(standart saflaştırma ve OPC saflaştırma yapılan ürünler için geçerlidir).
  • Siparişler, sipariş alınma sırasına göre üretime alınır. Sentez kapasitesi o gün dolmuşsa, siparişiniz bir sonraki sentezde üretime alınacaktır.
  • 40 veya daha fazla oligo içeren siparişler toplu sipariş olarak kabul edilir ve rutin sentez günleri dışında üretime alınır. Teslim süresi için lütfen bizimle iletişime geçiniz.

Sipariş vermek için online sipariş sistemimize kayıt olup (order.sentebiolab.com.tr) siparişlerinizi kolayca verebilir, verdiğiniz siparişlerin üretim ve teslimat durumlarını takip edebilirsiniz. Sipariş sistemimizin kullanımı için detaylı bilgiyi aşağıda bulunan kullanım kılavuzumuzu inceleyerek edinebilirsiniz.

✚ Sipariş Sistemi Kullanma Kılavuzu

Uygulamaya Göre Ölçek ve Saflaştırma Seçim Önerisi 

Tuzdan arındırma OPC HPLC
Uzunluk 40 baza kadar 80 baza kadar 100 baza kadar
Uygulama PZR, RT-PZR Polimorfizm analizi, dizileme, yeni nesil dizileme,
mikroarray, gen sentezi		 Dizileme, klonlama, modifiye oligonükleotidler, hidroliz probları

Garanti Şartları

Sentebiolab tarafından sentezlenen primerler 3 ay garantilidir. Bir problem yaşanması halinde, garanti koşullarını sağlayan primerler 3 aylık garanti süresi içinde yeniden sentezlenebilir. 15 bazdan kısa veya 40 bazdan uzun primerler garantiye dahil değildir. Sipariş edilen oligo dizisinde kullanıcı kaynaklı hatalar olması durumunda veya teslimattan sonra saklama koşullarına depolanmaması halinde primerler garanti kapsamında değildir.

Garanti kapsamı için gerekli koşullar:

  • Uluslarası bir yayından alınmamış diziler için; laboratuvarınızda rutin olarak kullanılan ve sorunsuz çalışan diziler de garanti kapsamındadır
  • Primer dizisi uluslararası bir dergide yayınlanmış olmalıdır.

Kalite Kontrol

Her sentezde üretilen kalite kontrol primerleri PCR ile, uzun oligonükleotid sentezlerindeki primerler ise gen sentezinde kullanılarak kalite kontrol işlemleri gerçekleştirilmektedir. Ayrıca her sentezdeki deblock adımlarında sentez verimliliği tritil analizi ile kontrol edilir. Sentez sonrasında yapılan spektrofotometrik ölçüm sonuçları da kalite kontrol amacıyla analiz edilir. Kalite kontrolden geçemeyen ürünlerin teslimatı yapılmaz, tarafınıza bilgi verilerek, en yakın sentezde tekrar üretime alınır. Aylık LC-MS analizi, sürekli kalite güvencesini sağlar.