DNA Dizileme
Sentebiolab tüm DNA dizileme gereksinimleriniz için hizmet sağlamaktadır. ABI Prism Genetic Analyzer ve Illumina MiSeq cihazlarını kullanarak, genetik materyalinizi geleneksel Sanger dizileme veya yeni nesil dizileme (NGS) ile sekanslayıp sonuçlarınızı kısa sürede elektronik olarak teslim edebiliriz.
Sanger dizilemede 600 bp’ye kadar garanti veriyoruz ve yeni nesil dizileme ile 20 kb’a kadar genetik materyali dizileyebiliyoruz.
Sanger Dizileme
Saflaştırması yapılmış PCR ürünleri ve plazmid örnekleriniz için Sanger dizileme hizmeti sağlamaktayız. Saflaştırılmamış PCR ürünleriniz için firmamızca PCR saflaştırma hizmeti de verilmektedir. Örnek/primer kaynaklı bir problem olmaması halinde tek yönlü dizilemede 550 baza kadar kaliteli okuma sonucu gönderilmektedir. Dizileme hizmetinde kullanılacak olan primerleri de, talep etmeniz halinde, sentezleyebiliyoruz. Sanger dizileme için kullandığımız cihaz ABI Prism 3130 Genetic Analyzer’dır.
Genel Bilgi
Makinenin çalışma prensibi, elektroforetik birimler içerisinde bulunan bir lazer aracılığıyla tek renkli bir ışığın üretilmesidir. DNA’nın yüklendiği jel matrisi, monokromatik ışık tarafından taranır. Elektroforez aşamasında, floresan boyaya bağlı DNA’nın bulunduğu bölgeye ulaşıldığında bir sinyal verilir ve karakteristik bir dalga boyundaki ışığı saçar. Bu sinyal dedektör tarafından işlenerek elde edilen sonuçlar analiz edilir ve sekans verilerine dönüştürülür.
Örnek Hazırlama Bilgisi
- DNA örnekleri ve primerler (dizileme sipariş formu doldurulmalı ve bize gönderilmelidir).
- Dizilemede kullanılacak primerlerin konsantrasyonu (en az 10 μM konsantrasyon ve en az 5 μL primer/reaksiyon) ve dizi bilgisi (tercih edilen).
- DNA örneğinin konsantrasyonu (plazmidler için, en az 80 ng/μL ve 5-10 μL/reaksiyon önerilir; PZR ürünleri için en az 10 ng/μL ve 5-10 μL/reaksiyon önerilir)
- PZR örnekleri için
-PZR örnekleri için jel fotoğrafı (%2 agaroz jeli içinde) ve spektrofotometrik ölçüm sonuçları (sadece saflaştırılmış PZR ürünleri için-konsantrasyon, A260/280 ve A260/230 değerleri)
-Plazmid, faj, kozmid veya BAC DNA için jel fotoğrafı (%1 agaroz jeli içinde) ve nanodrop ölçüm sonuçları (konsantrasyon, A260/280 ve A260/230 değerleri)
DNA Dizisi örnek teslimi için gereksinimler
- Sentebiolab, hem saflaştırılmış hem de saflaştırılmamış PZR ürünlerini ve plazmid DNA’larını dizileyebilmektedir.
- Optimal sonuç elde edebilmek için aşağıdaki tabloda gösterilen değerlere sahip örnekler gönderilmesini öneriyoruz.
- Saflaştırılmış PZR ürünlerinde sadece bir bant olduğundan emin olmak için jel elektroforezi ile kontrol edilmelidir.
- Numuneler açık bir şekilde etiketlenmelidir.
| Örnek | Konsantrasyon | Hacim/Reaksiyon |
|---|---|---|
| Plazmid | 200 ng/μl | 10 μl |
| PZR örnekleri | 50 ng/μl | 10 μl |
| Primer | 10 μM | 10 μl |
- Primerler de dahil olmak üzere tüm numuneleriniz 1,5 mL, 0.5 mL veya 0,2 mL’lik tüplerde görnderilmeli ve numunenin tanımlanmasını istediğiniz şekilde etiketlenmelidir.
- Sentebiolab, sızıntı, buharlaşma veya çapraz kuyu kirliliği (numunelerin uygun şekilde hazırlanmaması nedeniyle) veya kargolama sırasında ortaya çıkan sorunlar gibi sorunlardan sorumlu değildir.
Sıkça Kullanılan Primerler
| Primer Adı | Dizisi |
|---|---|
| 5’AD | 5′- AGG GAT GTT TAA TAC CAC TAC -3′ |
| 3’AD | 5′- AGA TGG TGC ACG ATG CAC AG -3′ |
| 5AOX1 | 5′- GAC TGG TTC CAA TTG ACA AGC -3′ |
| 3AOX1 | 5′- GCA AAT GGC ATT CTG ACA TCC -3′ |
| A-FACTOR | 5′-TAC TAT TGC CAG CAT TGC TGC -3′ |
| 3’BD | 5′- TAA GAG TCA CTT TAA AAT TTG TAT C -3′ |
| CMV-Forward | 5′- CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG -3′ |
| CMV-R | 5′- GTT CAC GGT GCC CTC C -3′ |
| PGEX-5′ | 5′- GGG CTG GCA AGC CAC GTT TGG TG -3′ |
| PGEX-3′ | 5′- CCG GGA GCT GCA TGT GTC AGA GG -3′ |
| T3 | 5′- ATT AAC CCT CAC TAA AGG GA -3′ |
| T7 | 5′- TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG -3′ |
| T7-Ter | 5′- GCT AGT TAT TGC TCA GCG G -3′ |
| BGH | 5′- TAG AAG GCA CAG TCG AGG -3′ |
| SP6 | 5′- GAT TTA GGT GAC ACT ATA G -3′ |
| M13F | 5′- TGT AAA ACG ACG GCC AGT -3′ |
| M13R | 5′- CAG GAA ACA GCT ATG AC -3′ |
| M13F(-47) | 5′- CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC -3′ |
| M13R(-48) | 5′- AGC GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA -3′ |
| GLP1 | 5′- TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG -3′ |
| GLP2 | 5′- CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA -3′ |
| pBAD Forward | 5′- ATG CCA TAG CAT TTT TAT CC -3′ |
| pBAD Reverse | 5′- GAT TTA ATC TGT ATC AGG -3′ |
| pEGFP-N-5′ | 5′- TGG GAG GTC TAT ATA AGC AGA G -3′ |
| pEGFP-N-3′ | 5′- CGT CGC CGT CCA GCT CGA CCA G -3′ |
| pEGFP-C-5′ | 5′- CAT GGT CCT GCT GGA GTT CGT G -3′ |
| pEGFP-C-3′ | 5′- TAT GGC TGA TTA TGA TCA GT -3′ |
| pFastBacF | 5′- GGA TTA TTC ATA CCG TCC CA -3′ |
| pFastBacR | 5′- CAA ATG TGG TAT GGC TGA TT -3′ |
| RVP3 | 5′- CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC -3′ |
| RVP4 | 5′- GAC GAT AGT CAT GCC CCG CG -3′ |
| PMAL-C2X-F | 5′- TGC GTA CTG CGG TGA TCA AC -3′ |
| PMAL-C2X-R | 5′- CTG CAA GGC GAT TAA GTT GG -3′ |
| PQE30F | 5′- TGA GCG GAT AAC AAT TTC AC-3′ |
| PQE30R | 5′- GTT CTG AGG TCA TTA CTG G-3′ |
| S.TAG | 5′-CGA ACG CCA GCA CAT GGA CA-3′ |
Yeni Nesil Dizileme (Next-Generation Sequencing)
Sentebiolab referans dizisi sağlanan örnekler için Illumina-MiSeq yeni nesil dizileme platformunu kullanarak NGS hizmeti vermektedir.