DNA Dizileme

Sentebiolab tüm DNA dizileme gereksinimleriniz için hizmet sağlamaktadır. ABI Prism Genetic Analyzer, PGM Ion Torrent ve Illumina MiSeq cihazlarını kullanarak, genetik materyalinizi geleneksel Sanger dizileme veya yeni nesil dizileme (NGS) ile sekanslayıp sonuçlarınızı kısa sürede elektronik olarak teslim edebiliriz.

Sanger dizilemede 600 bp’ye kadar garanti veriyoruz ve yeni nesil dizileme ile 20 kb’a kadar genetik materyali dizileyebiliyoruz. 

Sanger Dizileme

Sanger dizilemede başlangıç malzemesi olarak jel veya kolon kullanarak saflaştırılmış PZR ürünleri ve plazmidler kullanılabilir. Ayrıca “Antik DNA Örnekleri” için dizileme hizmetleri de yapıyoruz. Her ne kadar dizilemedeki verim başlangıç örneğinin saflığına ve kalitesine göre değişkenlik gösterse de ortalama 600 nükleotite kadar rahatlıkla dizileme yapabiliyoruz. İstek üzerine dizileme hizmetlerinize yönelik uygun primerleri tasarlayıp sentezleyebiliriz. Paired-end dizileme çok daha doğru sonuçlar elde edebilirsiniz. Laboratuvarımızda dizileme için ABI Prism 3130 Genetic Analyzer kullanılmaktadır.

Genel Bilgi

Makinenin çalışma prensibi, elektroforetik birimler içerisinde bulunan bir lazer aracılığıyla tek renkli bir ışığın üretilmesidir. DNA’nın yüklendiği jel matrisi, monokromatik ışık tarafından taranır. Elektroforez aşamasında, floresan boyaya bağlı DNA’nın bulunduğu bölgeye ulaşıldığında bir sinyal verilir ve karakteristik bir dalga boyundaki ışığı saçar. Bu sinyal dedektör tarafından işlenerek elde edilen sonuçlar analiz edilir ve sekans verilerine dönüştürülür.


Örnek Hazırlama Bilgisi

DNA dizi analizi için gerekli bilgiler:
  • DNA örnekleri ve primerler (dizileme sipariş formu doldurulmalı ve bize gönderilmelidir).
  • Dizilemede kullanılacak primerlerin konsantrasyonu (en az 10 μM konsantrasyon ve en az 5 μL primer/reaksiyon) ve dizi bilgisi (tercih edilen).
  • DNA örneğinin konsantrasyonu (plazmidler için, en az 80 ng/μL ve 5-10 μL/reaksiyon önerilir; PZR ürünleri için en az 10 ng/μL ve 5-10 μL/reaksiyon önerilir)
  • PZR örnekleri için jel fotoğrafı ve spektrofotometrik ölçüm sonuçları (konsantrasyon, A260/280 ve A260/230 değerleri) (%2 agaroz jeli içinde) veya plazmid, faj, kozmid veya BAC DNA (%1 agaroz jeli içinde)

DNA Dizisi örnek teslimi için gereksinimler

Numune hazırlama için şartlar:
  • Sentebiolab, hem saflaştırılmış hem de saflaştırılmamış PZR ürünlerini ve plazmid DNA’larını dizileyebilmektedir.
  • Optimal konsantrasyon sağlamak için aşağıdaki tabloda gösterilen değerleri öneriyoruz.
  • Saflaştırılmış PZR ürünlerinde sadece bir bant olduğundan emin olmak için jel elektroforezi ile kontrol edilmelidir.
  • Numuneler açık bir şekilde etiketlenmelidir.
Tavsiye Edilen Miktarlar
Örnek Konsantrasyon Hacim/Reaksiyon
Plazmid 200 ng/μl 10 μl
PZR örnekleri 50 ng/μl 10 μl
Primer 10 μM 10 μl
Örnek Transferi Gereksinimleri:
  • Primerler de dahil olmak üzere tüm numuneleriniz 1,5 mL, 0.5 mL veya 0,2 mL’lik tüplerde görnderilmeli ve numunenin tanımlanmasını istediğiniz şekilde etiketlenmelidir.
  • Sentebiolab, sızıntı, buharlaşma veya çapraz kuyu kirliliği (numunelerin uygun şekilde hazırlanmaması nedeniyle) veya kargolama sırasında ortaya çıkan sorunlar gibi sorunlardan sorumlu değildir.

Sıkça Kullanılan Primerler

Primer Adı Dizisi
5’AD 5′- AGG GAT GTT TAA TAC CAC TAC -3′
3’AD 5′- AGA TGG TGC ACG ATG CAC AG -3′
5AOX1 5′- GAC TGG TTC CAA TTG ACA AGC -3′
3AOX1 5′- GCA AAT GGC ATT CTG ACA TCC -3′
A-FACTOR 5′-TAC TAT TGC CAG CAT TGC TGC -3′
3’BD 5′- TAA GAG TCA CTT TAA AAT TTG TAT C -3′
CMV-Forward 5′- CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG -3′
CMV-R 5′- GTT CAC GGT GCC CTC C -3′
PGEX-5′ 5′- GGG CTG GCA AGC CAC GTT TGG TG -3′
PGEX-3′ 5′- CCG GGA GCT GCA TGT GTC AGA GG -3′
T3 5′- ATT AAC CCT CAC TAA AGG GA -3′
T7 5′- TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG -3′
T7-Ter 5′- GCT AGT TAT TGC TCA GCG G -3′
BGH 5′- TAG AAG GCA CAG TCG AGG -3′
SP6 5′- GAT TTA GGT GAC ACT ATA G -3′
M13F 5′- TGT AAA ACG ACG GCC AGT -3′
M13R 5′- CAG GAA ACA GCT ATG AC -3′
M13F(-47) 5′- CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC -3′
M13R(-48) 5′- AGC GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA -3′
GLP1 5′- TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG -3′
GLP2 5′- CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA -3′
pBAD Forward 5′- ATG CCA TAG CAT TTT TAT CC -3′
pBAD Reverse 5′- GAT TTA ATC TGT ATC AGG -3′
pEGFP-N-5′ 5′- TGG GAG GTC TAT ATA AGC AGA G -3′
pEGFP-N-3′ 5′- CGT CGC CGT CCA GCT CGA CCA G -3′
pEGFP-C-5′ 5′- CAT GGT CCT GCT GGA GTT CGT G -3′
pEGFP-C-3′ 5′- TAT GGC TGA TTA TGA TCA GT -3′
pFastBacF 5′- GGA TTA TTC ATA CCG TCC CA -3′
pFastBacR 5′- CAA ATG TGG TAT GGC TGA TT -3′
RVP3 5′- CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC -3′
RVP4 5′- GAC GAT AGT CAT GCC CCG CG -3′
PMAL-C2X-F 5′- TGC GTA CTG CGG TGA TCA AC -3′
PMAL-C2X-R 5′- CTG CAA GGC GAT TAA GTT GG -3′
PQE30F 5′- TGA GCG GAT AAC AAT TTC AC-3′
PQE30R 5′- GTT CTG AGG TCA TTA CTG G-3′
S.TAG 5′-CGA ACG CCA GCA CAT GGA CA-3′

Yeni Nesil Dizileme (Next-Generation Sequencing)

Sentebiolab, yeni nesil dizileme hizmetleri için Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM) cihazı kullanmaktadır. PGM dizileme sistemi, yarı iletken teknolojisini kullanan tezgah üstü bir sistemdir. Hızlı ve yüksek ölçekli dizilemeye imkan sunar. Ion Torrent teknolojisi, DNA replikasyonu sırasında açığa çıkan hidrojen iyonlarını gerçek zamanlı olarak kantifiye etmek için çok sayıda paralel dizilmiş yarı iletken sensör kullanır.

Kompakt olarak düzenlenmiş kuyu dizileri, milyonlarca paralel reaksiyon için reaktör görevi görür. Entegre akışkanlar bu kuyucuklardan gelen reaktiflerin akışını sensör dizisine bağlar. Bu benzersiz akışkan teknolojisi, mikromakina ve yarı iletken teknolojisinin yardımıyla, genetik diziyi dijital verilere çevirir ve 2000 Mb’e (318 çip) kadar dizileme yapabilir. Ortalama bir dizileme işlemi yaklaşık 2-3 saat sürer.

Laboratuvarımız Ion Torrent PGM ve MiSeq yeni nesil dizileme platformlarını kullanarak aşağıdaki hizmetleri sunmaktadır:

  • Amplikon Dizileme
  • Hedefli Dizileme
  • Small RNA ve miRNA Dizileme
  • Virüs Tipi Belirleme
  • Mikrobiyal Dizileme
  • De Novo Dizileme
  • Bakteri Tipi Belirleme

Hedefli Dizileme

Hedefli dizileme, tüm genom dizilemesi için hızlı ve uygun maliyetli bir alternatiftir. AmpliSeq ™ teknolojisi, araştırmacıların, sadece 20 ng DNA örneğinden gen panelleri de dahil olmak üzere binlerce hedefi hızlı ve kolay bir şekilde çoğaltmalarını sağlar.

Small RNA ve miRNA Dizileme

Ion Torrent™ ve Illumina MiSeq™ yeni nesil dizileme platformları ile birleşen Ambion® RNA teknolojisi, araştırmacılara çalışmalarında kullanılabilecek geniş bir teknik yelpazesi sunmaktadır.

Virüs Tipi Belirleme

Ion PGM sisteminin PathAmp™ FluA kiti ile grip virüslerinin analizine ek olarak, Torrent Suite ™ için hazırlanan Pathogen Analyzer Plugin ile, farklı virüslerin ve bakteriyofajların tüm genomlarını araştırabiliriz.

Mikrobiyal Dizileme & Bakteri Tipi Belirleme

Ion PGM sisteminin yüksek doğruluk ve uzun okuma kapasitesi ile spesifik hastalık tiplerinin retrospektif analizi ve yeni salgınlar ve hastalık teşhis ve etiyolojisini yapabiliriz. Ayrıca ION PGMTM sistemi, yüzlerce genin sekans verileri kullanarak bakteri türlerinin yüksek doğruluk ve hassasiyetle tiplendirilmesini sağlar.

  • 16S rRNA (metagenomik)
  • 18S (metagenomik)

De Novo Dizileme

Ion Torrent yarı iletken sekanslama teknolojisi, mikrobiyal araştırmalar için hızlı ve düşük maliyetli de novo dizileme imkanı sunar.